La maison des Targaryen vient de Valyria. Ils sont arrivés sur Westeros grâce à la Conquête d'Aegon le Conquérant et leurs dragons. Pour préserver la pureté de leur lignée, ils font des mariages incestueux. Avec le temps, les dragons sont devenus de plus en plus petits jusqu’à disparaître. Ils ont régné jusqu’à la Rébellion menée par Robert Baratheon contre Aerys II, le roi fou. Ce dernier est assassiné par Jaime Lannister, le capitaine de sa garde. Tous les Targaryens sont tués durant la rébellion dont l'héritier du trône de fer Rhaegar Targaryen, sauf deux.

Lorsque l’histoire du Trône de fer commence, les derniers héritiers Targaryens, Viserys et Daenerys, sont réfugiés sur Essos. Viserys veut reconquérir le trône de fer et est prêt à tout pour cela. Afin d’y arriver, il marie sa petite sœur Daenerys au chef des Dothrakis : Khal Drogo pour profiter de son armée. A son mariage, on offre trois œufs de dragon changés en pierre avec le temps à Daenerys.

Daenerys devient alors Khaleesi, tandis que son frère s’impatiente d’avoir sa couronne. Il finira par l’obtenir au prix de sa vie. Lorsque Drogo décède, Daenerys décide de se faire brûler avec lui sur le bûcher funéraire, avec les œufs de dragon.

Une particularité des Targaryens, ils ne craignent pas le feu.

Daenerys survit alors au bûcher et les œufs ont éclos pour donner vie au trois premiers dragons depuis bien longtemps.

Daenerys rallie de plus en plus de gens à sa cause dans l’optique de reconquérir le trône de son père.